国家人口健康科学数据中心（National Population Health Data Center, NPHDC）是国家科技部和财政部认定20个的国家科学数据中心之一，属于国家科技基础条件平台下的国家科技资源共享服务平台，主管部门是国家卫生健康委，依托中国医学科学院建设。由中国工程院院士、国际医学科学院组织主席，原中国医学科学院 北京协和医学院院校长、中国工程院副院长刘德培院士担任负责人。按照国家《科学数据管理办法》和《国家科技资源共享服务平台管理办法》的要求，承担国家人口健康领域科学数据整合汇交、审核、加工、保存、挖掘、认证和共享服务任务，保障人口健康领域科学数据的长期保存和持续管理。

人口健康数据中心于2003年作为科技部科学数据共享工程重大项目立项，2004年4月正式启动，2010年通过科技部和财政部认定转为运行服务，面向全社会开放，提供数据资源支撑和共享服务。经过近二十年的发展，已集成涉及生物医学、基础医学、临床医学、药学、公共卫生、中医药学、人口与生殖健康等多方面的科学数据资源，还建立了十余项特色专题服务，开展人口健康“共享杯”竞赛，为用户提供全方位、立体化的共享服务，为国家科技创新、政府管理决策、医疗卫生事业发展以及创新型人才培养和健康产业发展等提供了条件支撑。

2021年，国家人口健康科学数据中心已获得国家人类遗传资源保藏资质（国科遗办审字〔2021〕BC0007号），是国家卫生健康委认定的可向基层采集数据业务信息系统之一，并作为中国医学科学院 北京协和医学院的指定数据汇交中心。

国家人口健康科学数据中心数据仓储(Population Health Data Archive，PHDA)由中国医学科学院医学信息研究所负责研发运维，负责为不同层次用户提供人口健康领域科学数据的在线汇交、认证、保存、开放共享等全方位服务，为注册的科学数据分配CSTR科技资源标识和DOI标识。2019年,PHDA被re3data.org和FAIRsharing数据仓储目录收录。2021年，PHDA通过CoreTrustSeal全球核心可信存储库国际认证，表明PHDA的数据汇聚、规范管理、可信存储、权益保护、长期保存和持续服务能力等得到国际性认可，能够接收人口健康领域在国际期刊发表论文的相关科学数据，是我国人口健康科学数据中心国际化能力提升的充分体现。

国家人口健康数据中心通过建设稳定、安全可控和支持高性能计算分析的基础设施和平台系统，全面开展面向国家政府资金资助的生物医学健康领域各级各类科技计划所产生的科学数据、医疗卫生机构电子病历系统等数据、科技文献相关数据、医疗健康产业数据以及国家重大战略和重大需求所需数据的汇聚、积累和保藏，建成国家医学健康数据资源保障基地，有效保护我国生物医学健康数据安全；积极开展生物医学健康数据标准研究、数据管、控、用关键技术攻关和数据分析挖掘能力建设，形成国际领先的标准化数据加工处理和挖掘利用体系，提高数据资源价值和可用性；统筹开展生物医学健康数据安全管控和监督评价工作，保障核心数据源头安全，提高我国生物医学健康核心数据管理水平和安全管控能力。和各科研院所、高等院校、医疗卫生机构等创新单元有效联动和广泛合作，打造辐射全国的全链条协同数据管理网络，创造良好的人口健康科学数据生态系统。在确保国家安全、数据安全的基础上，大力开展数据共享服务和国际合作交流，持续创新服务模式和实现落地应用，形成支撑政府决策、生物医药科技研究、健康产业、百姓健康促进等多方面的综合功能，为未来大数据立法提供依据，支撑我国医学科技创新发展，形成显著国际影响力。努力建成我国医学健康数据资源保障基地，成为我国医学科技创新体系核心基地的重要组成部分，建成国际一流、具有强大的支撑服务国家医学健康科技创新能力的数据中心。